Il Cons fu costituito ufficialmente il 3 aprile 1959 ed ottenne il riconoscimento del Comitato internazionale (Cio) nello stesso anno. I responsabili delle maggiori associazioni esistenti si riunirono e concordarono di proporre la costituzione del Comitato Olimpico Nazionale Sammarinese: i Capitani Reggenti, Marino Benedetto Belluzzi e Agostino Biordi, recepirono la proposta e con proprio Decreto ne sanzionano la nascita.
La prima partecipazione di San Marino a un’olimpiade risale alla XVII edizione di Roma nel 1960, con una squadra formata da 10 atleti. Da allora le delegazioni sammarinesi hanno preso parte a tutte le successive edizioni dei Giochi Olimpici Estivi, ad eccezione di quella di Tokio 1964. Ad ottenere i migliori risultati sono stati, Francesco Nanni, che nel 1984 a Los Angeles ha centrato un 5° posto nel tiro a segno, specialità Carabina con 594 punti su 600, a Sydney 2000 la tiratrice Emanuela Felici è arrivata 7ª nella gara di trap (Fossa Olimpica), la stessa posizione la Felici l’ha conquistata alle successive Olimpiadi di Atene 2004; 7° posto anche del compagno di squadra, Francesco Amici.
Da aggiungere le presenze alle Olimpiadi Invernali di Innsbruck 1976, Sarajevo 1984, Calgary 1988, Albertville 1992, Lillehammer 1994, Salt Lake City 2002 e Torino 2006.
Nel 1985 il Cons si rese promotore ed organizzò la prima edizione dei Giochi dei Piccoli Stati d’Europa, una manifestazione a scadenza biennale riservata agli 8 Paesi europei con meno di un milione di abitanti (Andorra, Cipro, Islanda, Liechtenstein, Lussemburgo, Malta, Monaco e San Marino).
Il 14 giugno 1993 durante il congresso che precede l’inizio dei Giochi del Mediterraneo di Languedoc-Roussillon in Francia, il Cons divenne, per acclamazione, membro effettivo del Cijm (Comitato Internazionale dei Giochi). Nelle gare che seguirono Stefano Selva conquistò l’argento nel tiro a volo (Fossa Olimpica). Argento che si aggiunge a quello di Gian Nicola Berti vinto nella stessa gara nell’edizione di Lattakia (Siria) nel 1987, all’argento della coppia Corrado Bollini e Giuseppe Frisoni nelle bocce specialità Raffa a Bari 1997, e a al secondo posto di Daniela Del Din nel tiro a volo (Trap) ad Almeria nel 2005.
Il Cons raggruppa 32 Federazioni Sportive in rappresentanza del movimento olimpico e sportivo sammarinese, l’ultima affiliata è la Federazione Rugby, annessa all’unanimità dal Consiglio Nazionale il 30 aprile 2008.
I presidenti che si sono avvicendati alla guida del Cons: Federico Bigi 1959 – 1969; 1973 – 1978; Giuseppe Micheloni 1969 – 1973; Libero Barulli 1978 – 1981; Domenico Bruschi 1981 – 1989; Giovanni Vito Marcucci 1989 – 1997. Dal 1997 ricopre attualmente la carica di Presidente, Angelo Vicini.
I Segretari Generali furono: Vittorio Rossini 1959 – 1967; Giuseppina Tamagnini 1981 – 1985.
L’attuale Segretario Generale del Cons è Fabrizio Stacchini, che ricopre la carica dal 1985.
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